Если у меня одновременно умерли брат и дед, и от каждого мне остаётся квартира, как единственному наследнику.

Во-первых это невзаимосвязанные два наследства, как уже сказано выше. во-вторых наследник отвечает за долги наследодателя только в пределах стоимости унаследованного имущества. поэтому даже если вы не хотите выплачивать ипотеку за брата до конца - всё равно лучше принять наследство, продать квартиру, выплатить остаток долга - и оставить себе остальные деньги.