При вступлении в наследство(наличие завещания) можно ли у нотариуса сразу указать долю квартиры,как комнату?

Нет. вы можете написать заявление о принятии наследства, получить свид. о праве на наследство, зарегить переход права собственности на долю, и др. наследники тоже. и потом- с сособственниками определять порядок пользования- соглашением, или, при наличии споров, - в суде.