Было подано заявление на наследство в течении полугода, но наследник его не оформил своевременно.

Если заявление было подано в течение 6 мес. с момента открытия наследства (т. е. смерти наследодателя), то получить свидетельство о праве на наследство, или как вы пишите оформить до конца, можно в любое время по истечению 6 мес. с момента смерти.
странно, почему нотариус выдал второму наследнику свидетельство на все имущество... или в росреестре ошибочно зарегистрировали собственность вместо долевой....
в любом случае, если все так, как вы написали и мои предположения верны, то в судебном порядке мы можете признать оформление собственности вторым наследником незаконным и получить право на долевую собственность в наследуемом имуществе...